Давайте посмотрим. Хитрое (думаю, вы понимаете что вам надо и это сложнее объединения ячеек и применения к ним различных стилей форматирования) преобразование xls-файлов задача довольно трудоемкая. Запустив ее чисто на Linux вы тоже можете упереться в производительность, особенно, если дело дойдет до интерпретации формул, работой с бинарными архивированными данными или эмуляцией VBA.
С другой стороны, естественно, нужно быть к этому готовым, весь функционал на Linux вы не получите, с некоторой долей уверенности можно сказать, что получите грабли в самых неожиданных местах, например, при работе с кодировками или подготовке документа на печать.
Поэтому с моей точки зрения правильнее делать на разных системах, если хотите сделать наверняка.
На счет вашего страха перед многопоточностью - вам не надо это реализовывать. Достаточно запустить на windows-машине IIS и обращаться к нему только за этим файлом, больше не зачем. Или привлечь для этих же целей обычные шареные папки, в которых будет исполняемый файл. То есть переложить многопоточность уже на существующие сервисы и службы.
