Сайт в tor это обычный сайт, ничем не отличающийся от обычного интернета, запускается с использованием тех же программ типа ngnix/apache/php/... да там только http (так как шифрование на канальном уровне и некому выпустить сертификат для onion)
Так как tor медленнее для клиентов плюс немного дороже обходится трафик, ведь не каждый хостер разрешает использовать tor (прописывают в лиц. соглашении) то лишние навороты будут реально лишними, плюс контенгент тор обычно такой, которому эти свистоп...навороты не требуются, только голый функицонализм.
Если что, в тор есть полноценные зеркала сайтов, даже facebook -
facebookcorewwwi.onion со всеми скриптами и аналитикой.