Ребят сколько раз повторять, прежде чем лезть в настройки бд, смотрите в ваши запросы.
Slow queries: 24 за 10 минут. Понятное дело что все будет колом стоять. (не в хорошем смысле к сожалению).
Так что включайте slow-log, смотрите в него внимательно, добавляйте/удаляйте индексы по вкусу, переписывайте запросы.
И когда вы перепишете все запросы, и будете уверены что дальше их оптимизировать нельзя, тогда только можно смотреть в сторону всяких mysql-tunner'ов и тд. Хотя откровенно говоря, обычно выручают стандартные конфиги мускула, коих 4 штуки лежит в комплекте с ним. Дело в том что тупое следование рекомендациям без понимания всего процесса работы бд вас не спасет. Скорее вы только получите ухудшение скорости работы.
P.S. Да и еще. phpmyadmin последних версий тоже в советчики заделался. Теперь тоже подсказывает что где подкрутить. Поищите там.