Системы такого класса именуются BPMS - Business Process Management System. Как правило, они применяются именно для того, чтобы управлять другими приложениями в соответствии с диаграммами процессов, составленными в нотации BPMN. Одно время интересовался ими, но до практического опыта не дошло. Может быть, подскажу несколько направлений и ключевых слов.
Существует множество BPM-систем. Сходу вспоминаются BizAgi (коммерческая, но есть упрощённая бесплатная версия) и Activiti BPM (open source). Есть сайт -
bpms.ru - там публикуются статьи и материалы на тему.
www.sql.ru/forum/erp-crm - самый интересный русскоязычный форум по BPM-системам, который я нашёл.
BPM - не единственное направление в этой области. В последнее время в некоторых кругах в моде ACM, Adaptive Case Management, цель которого - обеспечить большую гибкость и приспособляемость бизнес-процессов. В чём-то альтернативный, в чём-то дополняющий подход - системы управления бизнес-правилами BRMS (Business Rule Management System). Они предполагают, что мы не рисуем большие запутанные BPMN-диаграммы, а имеем дело с репозиторием простых правил вида "если A и B, но не C, то выполнить D, E и F".
Тема, в общем, широка, и от вашей конкретной ситуации зависит, какая технология подойдёт вам лучше всего.