python-docx отлично справляется, непонятно, что вам помешало это проверить, если вы его уже нагуглили.
чтобы не было проблем с кодировкой - используйте юникод.

# -*- coding: utf-8 -*-
from docx import Document
document = Document()
str=unicode("Тест", "utf-8")
p = document.add_paragraph(str)
document.save('test.docx')

посмотрите в сторону всяких mind maps.
я периодически использую mindomo (ограничение бесплатной версии - 3 карты на сервере, но локально можно больше), на хабре были обзоры других инструментов (Freemind, Xmind, MindManager и другие).
в какой-то момент весьма помогло структурировать большой объем информации из разных источников, хотя не могу сказать, что это прямо идеально то, чего бы мне хотелось, но все же удобнее, чем любые виды оффлайновых/онлайновых блокнотов (которыми тоже пользуюсь, но для неструктурированных заметок).