@include от компаса прекрасно работает используя мастер ветку (возможно придется кое-что в конфигах исправить, но это уже на месте смотреть)
>Cпецифичные для страниц javascript-ы я подключаю из вьюх через
А не лучше ли иметь 1 скрипт на все страницы? Но если уж сильно хочется, то генерите еще какой-нибудь другой манифаест (как application.js) и пользуйте разные файлы на разных страницах.