Сергей delphinpro, не вводите в заблуждение.
Гитигнор НЕ ИСКЛЮЧАЕТ никакие файлы из репозитория, потому что он действует только на те файлы, которых ещё нет в репозитории.
Надеюсь вы уже проверили что у вас обновлены WebStorm и Git до актуальных версий?
Плагин Git в средах JetBrains иногда имеет проблемы с аутентификацией в GitHub. Например не всё работает если репозиторий лежит в аккаунте организации.
Но есть обходное решение, которое всегда помогает. В настройках плагина Git в WebStorm найдите галочку почти в самом низу списка. Там в названии что-то про аутентификацию через терминал. Если в терминале у вас уже всё хорошо, то IDE будет просто подхватывать логин оттуда и всё заработает.
а в оригинале: «не включает файлы в репозиторий».
Вы не сократили формулировку, а существенно поменяли смысл.