первый раз работаю с git
В первую очередь вам надо почитать учебник. Git это не та программа, с которой вы сходу можете начать работать. Он конечно простой, но вообще не интуитивно понятный.
выдает 10000 файлов в каталоге
Причина проста — вы инициализировали репозиторий находясь в корне вашего домашнего каталога. Нельзя так делать, если не хотите потерять свои файлы, бездумно вбивая команды типа stash.
Что мне делать
Удалить (или переименовать) подкаталог .git в котором хранится репозиторий. Затем создать его в правильном месте — в каталоге вашего проекта.