Офигеть, чтобы завалить JVM нужно очень постараться. Быстрый гуглёж показывает, что разработчик Bukkit как раз постарался, у таких падений может быть тысяча причин.
TemaKam, надо использовать QThread, но с интерфейсом из него взаимодействовать не надо. Если нужно что-то отобразить в окне, то код выполняющийся в потоке должен отправить сигнал коду главного потока, который уже может беспрепятственно работать с окном.