PDO и mysqli — это две сильно разные вещи. PDO является универсальным DBAL, позволяющим работать с любой поддерживаемой базой.
mysqli это узкоспециализированный драйвер, благодаря чему можно использовать все преимущества, он поддерживает мультизапросы, чеснее биндит данные, позволяет собирать статистику.
если вы собираетесь использовать другие базы, то имеет смысл использовать PDO, да ито. придётся дополнять его квери билдером, чтобы получить реальную переносимость. в иных случаях пользуйтесь mysqli, который предоставляет больше функциональности.
