Blend. В обоих фигурах равное количество точек, тогда контроль деформации полный.

Оверлей выключен — включить

В блендере у своей модели проверьте куда "смотрят" нормали.

Должны — наружу. Если не у всех полигонов так, то надо исправить:
1) в том же режиме редактирования (Edit Mode) выделить все полигоны (гор.клавиша A)
2) нажать Alt+N и выбрать перерасчет на внешнюю сторону (Recalculate Outside, или Shift+N)


А текстуры (материалы, вообще) в юнити нужно заново пересоздать

Отображение сетки при любом режиме работы с моделью

Один из вариантов: выделить всё и нажать divide на панели Pathfinder (в русском "Обработка контуров"),
выделенные объекты разрежутся по всем взаимным пересечениям



Или можно сделать копию из черного объекта и использовать как маску (Clipping Mask) для всех объектов, тогда зеленые останутся целыми

UPD: Ответ artmertehin — оптимальней