Один из вариантов: выделить всё и нажать divide на панели Pathfinder (в русском "Обработка контуров"),
выделенные объекты разрежутся по всем взаимным пересечениям
Или можно сделать копию из черного объекта и использовать как маску (Clipping Mask) для всех объектов, тогда зеленые останутся целыми
UPD: Ответ artmertehin — оптимальней 
