Все просто: черный на белом хорош, когда мы смотрим на отраженный свет, например, бумагу или читалку с eink'ом. Светлый на темном (никогда — белый на черном) лучше выглядит, когда мы смотрим на источник освещения, например монитор. Обилие белого в источнике освещения порождает усталость глаз. Плюс есть разной бредовости мысли насчет современной LED-подсветки, которая по факту сбивает суточные ритмы из-за сильной синей составляющей спектра.
Кроме вкуса, нелюбовь к темным темам может быть вызвана более тривиальными причинами — паршивым экраном (80% ноутов — именно такие) и чрезмерной освещенностью помещения. В обоих случаях светлый на темном различим многократно хуже, так как им недостает контрастности.
Итого: для кодинга темная тема предпочтительней, но все зависит от монитора, освещения и личных вкусов.