Все файлы, после проверки, остались целыми, не битыми и не перекодироваными. Вес тот же, а вот содержимое их отличается.
Противоречивые параграфы я вижу.
Если файлы вы проверили и они целые и не битые и не перекодированные, то КАК содержимое может отличаться?
Восстановление файлов в современных файловых системах маловероятно. Особенно больших, ибо фрагментация убивает возможность восстановления.
То, что файлы того же размера, не значит что они реально восстановились.
От подобных случаев спасают бэкапы.