храните готовые отдельные куски в разных файлах. можно добавлять переменные для замены
много сторок в формате
ключ=$IP$
ключ=$PROXY$
в пхп считывать эти файлы и делать замены.
если для генерации нужны for/if и тд то бывает удобно использовать шаблонизаторы twig/blade (особенно если они уже есть в проекте).
или же генерить конфиг прямо через пхп-шаблонизацию, так же как им генерируется html.
пример: config-template.php или даже config-template.ini чтобы была подсветка синтаксиса
[$name]
<?php if ($ip): ?>
host= <?= $ip ?>
<?php endif ?>
<?php foreach ($proxies as $proxy): ?>
proxy= <?= $proxy ?>
<?php endforeach ?>
итд
ну и собирать вывод так же через ob_* функции + include этого файла, после объявления всех переменных конфига.