res2001

В батниках все переменные строковые!
set /a для арифметических действий преобразует строки в числа, делает действия и сохраняет строку в результате.
Поэтому дополнение нулями простое: дописываем к числу максимальное необходимое количество нулей, затем убираем лишнее с помощью операции извлечения подстроки.
Для извелечения подстрок читай:
set /?

Набросаю схематично вариант без forfiles.
Имеем текстовый файл file.txt со списком имен файлов, которые не надо удалять - одно имя файла на каждой строке.
Получить список всех файлов в каталоге можно с помощью dir /b
Далее этот список отфильтровать, исключая файлы, содержащиеся в file.txt, примерно так:
dir /b c:\test\* | findstr /v /g:file.txt
На выходе по идее должен быть список файлов, которые надо удалить.
Эту команду запихнуть в

for /f "tokens=* delims=" %%a in ('dir ... ^| findstr ...') do (del %%a)

В принципе все.
Проверить все сейчас не могу, т.к. под рукой нет винды, поэтому только общая идея, компоновать придется самому.
За подробностями:

dir /?
for /?
findstr /?
del /?

Рекомендую сначала выполнить связку dir | findstr вручную в консоли и добиться, что бы выдавался нужный результат (список файлов для удаления), только затем все это оформлять в батник.

schtasks /?

В такой постановке вопроса ответ - никак.

Что бы любая программа запустилась, либо ОС должна знать, что ее надо запустить в какой-то момент, либо пользователь должен ее запустить руками.
Для автозапуска можно использовать несоколько веток реестра, как пользовательских так и системных, так же можно использовать каталог sturtup в меню пуск (в вин10 его нет в явном виде в меню, но его можно найти в файловой системе) или же добавить Параметры->Приложения->Автозагрузка (это действие, по идее, добавляет записи вреестр).
Еще вариант - добавить старт приложения в шедулер, повесив его на какой-либо подходящий триггер.
После внесения соответствующих изменений и перезагрузки (или наступления триггерного события) приложение запустится.

Так же можно запустить приложение удаленно, таких вариантов довольно много. Из встроенных средств можно использовать: wmic или powershell. Тот же psexec (о котором писал pavelsha ) и т.п. Но программа должна быть доступна на удаленном компьютере, по указываемому пути. Т.е. вы должны сначала скопировать программу на удаленный комп, а потом уже удаленно ее запускать. Как вариант - указывать сетевой путь, доступный удаленному компьютеру. Но нужно не забывать, что в случае сетевого пути, потребуется авторизация на сетевом ресурсе ... Проще скопировать локально.

Кстати, редактировать реестр можно и удаленно. Для этого есть средства из коробки. Например команда reg add - умеет это делать. Но и тут есть своя специфика.

С помощью утилиты schtasks можно добавлять задания в планировщик.
С помощью reg add - можно добавить ключи в реестр для автозапуска.
Но если вам нужны права администратора при выполнении программы, то в обоих случаях при вызовах schtasks и reg вы должны обладать этими правами.

Вин10 использует для своей работы не только диск C:, но еще и другие вспомогательные разделы, которые по умолчанию не монтируются.
Почитайте что-нибудь о разбиении диска виндой, например эту статью: https://www.cnews.ru/news/top/2020-07-13_ustanovsh... (просто в гугле первая ссылка)
Так что просто так удалять разделы не советую - рискуете тем, что комп перестанет загружаться.
Кроме того производители ноутов любят устанавливать "из коробки" свое собственно ПО для восстановления системы "одной кнопкой". Обычно это восстановление достигается за счет использования не смонтированного раздела, куда делается какой-то бэкап. Часто эти схемы никогда не используются или вообще не работают и возможно ПО уже удалено из винды, но раздел на диске так и висит никому не нужный.

Можно установить без форматирования, поверх существующей системы. И еще, помнится, был вариант обновления установки (Update), то же можно использовать.
Не факт, что установленные программы останутся в рабочем состоянии, но данные никуда не денутся.

Область справа на панели задач это "трей". И это не область скрытых задач. В винде есть специальный API для того, что бы приложение могло размещать свою иконку в трее. Приложение должно само уметь это делать (или это можно сделать с помощью третьего приложения см. ответ benipaz ). cmd.exe такого делать не умеет.

Скрытых задач полно в винде и их окон и иконок вы не видите нигде. Для проверки просто откройте диспетчер задач и перейдите на закладку детально - в этом списке процессы, которые сейчас работают в вашей винде. Сколько иконок из этого списка вы видите в панели задач и в трее?

У меня есть bat скрипт запускающийся при старте Window 10

Почему бы не завершать этот стартовый скрипт? Тогда он не будет висеть в панели задач.
Другой вариант - можно запустить этот скрипт из планировщика по событию логин пользователя. Задания из планировщика по умолчанию выполняются в скрытом режиме.
Так же есть другой вариант - запустить батник в скрытом режиме через промежуточный небольшой скрипт на JavaScript или VBScript. Примеры легко гуглятся. При этом можно внедрить JavaScript скрипт в батник таким образом физически оба скрипта будут находится в одном файле. Технику внедрения JavaScript скрипта в батник то же можно нагуглить, ничего сложного там нет.

В языковых настройках есть такая штука, как язык по умолчанию для не Unicode программ. Попробуйте тут поставить английский. Иногда, после обновлений, эта настройка слетает в вариант по умолчанию.
Вообще установите язык интерфейса винды на английский - это решит проблему в корне.