Если задача стоит, синхронизироваться в общем случае (т.е. в идеале все, но я не знаю что именно может понадобиться синхронизировать завтра), то загляните в сторону виртуальных машин. Почти все (да я как посмотрю абсолютно все современные) позволяют сохранять текущее состояние, в т.ч. оперативной памяти (если это так может оказаться же актуально).
Заверните все свое внутрь виртуалки и таскайте с собой образ и текущие снапшоты на флешке/dropbox-аналоги.
Если же данных много больше размера флешки, делайте тупой bzdiff, сохраняя дома и на работе копию предыдущего/унесенного образа. Т.е. на каждом узле должны храниться копии текущего состояния на всех узлах, понятно что в один момент времени не все они одинаковы, вот для этого их и необходимо сохранить, а перед уходом делать bzdif с сохраненным, полученный патч применять на этот образ, нести его домой и применять его там (перед уходом на работу делать все то же самое но уже с образом рабочим).
При количестве узлов = 2, список команд для этого очень маленький — 2-3 строчки в каждом.