Веб-сервер с неплохим конфигом подтормаживает и явно на дисковых операциях. iotop указывает на журналирование. Совсем отключать понятное дело нельзя, но может можно что-то сделать?
Установлены 4 диска: 2HDD под систему и позже добавлены 2 SSD под файлы сайтов и MySQL.