С чего начать разбирательство? В каком файле что хранится и как это организовано?
Если вы хотите понять, как работает это библиотека, что за чем вызывается и тд, то я очень рекомендую использовать вам отладчик (Самый популярный - это xdebug) с какой нибудь удобной gui'шкой (Оная присутствует в phpstorm). Ставите breakpoint и вперед разбираться с порядком вызова того или иного метода, функции и тд.
Как сразу понимают каким образом использовать чужой код?
Читаем документацию по этой библиотеке.
Неужели поддерживать документацию ОПП проще, чем документацию конкретными функциями?
В первую очередь важна не поддержка документации, а поддержка кода. И удобство его использования.
Если бы в будущем был сервис вроде github но для функций и они ставились в php так же просто как установка пакетов apt install функция1 функция2 ..; было бы просто шикардос. Не?
Вы считаете, что устанавливать библиотеки в php непросто?
Автор библиотеки специально пропустил несколько файлов, которые пользователь должен создать сам, типа не для дурачков.
Он не пропускал никаких файлов. В комментарии по ссылке он предлагает создать программисту клиентского кода файл с конфигурацией на его усмотрение. Файл конфигурации не имеет никакого отношения к реализации. Программист клиентского кода волен сам решать, как конфигурировать объекты:
// Так
$someObf = new SomeClass('this_is_example_api_key');
// Или так
$someObf = new SomeClass(require('config.php')['api_key']);
// Или, например, так
$someObf = new SomeClass($config->get('api_key'));
