Если надо и прозрачный прокси и обычный, то надо иметь и строку с intercept, а также обычную
пример
http_port 192.168.1.2:3128
# transparent configuration ports
http_port 192.168.1.2:3129 intercept
ну и плюс вот это все с iptables
,а еще, чуть не забыл, захотите плясок с SSL , там еще надо будет про ssl-bump добавлять.