разница в использовании разных команд процессора и подсистем компьютера.
есть набор отдельных "дисциплин": целочисленная математика, математика с вещественными числами (числа с плавающей точкой), тригонометрические функции (сильно используются в 3д-рендеринге, преобразование фурье, сжатие фото и видео), действия над большими матрицами, логические операции...
плюс скорость памяти, скорость и размеры кешей процессора различного уровня.
каждый тест применяет набор своих алгоритмов и потому нагружает различные "части" вычислительной системы и получает отличающиеся значения "попугаев".
и т.д. и т.п.
читай описание каждого теста - там все расписано.