Буду говорить по магистратуре, так как академическая сфера мне близка.
Имеет. Разумеется как сказал товарищ
Zhainar с дипломом из хорошего вуза вам не дадут 100% позитивный ответ. Но если вы из какого-то "Задрыпинского института", то тут придется доказывать на деле, что вы достойны. И очень рьяно - статьи, конференции и т.д. будут играть большую роль. Потому что на ваше место может претендовать кто-то из Университета Лузаны, или ТУ Делфт. Как считаете кому отдадут предпочтение :)?
+ есть еще такой фактор как признаваемость вуза. В некоторых странах (Германия например) дипломы не всех вузов признают и может получиться так, что проучившись 4 года у себя на родине, "там" вам придется поступать на бакалавра по новой, так как диплом ваш абсолютный 0.