Я бы сделал возможности равноправными, а уж потом как-то бы использовал.
В том вконтакте вроде как в монетизации поучаствовал домен.
С точки зрения SEO поддомен выгоднее, вроде как.
А еще куки разные, то есть site.name/user1 и site.name/user2 вместе уживутся с трудом, а user1.site.name и user2.site.name — даже и напрягаться не надо.
Также возможно иметь разные DNS зависимые параметры для поддоменов.
В общем я бы мапил поддомен на директорию — а там видно будет :)
