1) Насчет пакетов — пока вы устанавливаете все из родных репозитариев, можете быть абсолютно спокойным.
2) Вам бы
туда с конкретными вопросами насчет видеокарты.
3) Если все работает, удовлетворяет ваши потребности, значит система в порядке. Если что не так — спрашивайте, поможем.