Если apache, то в процессе отладки можно мониторить отдельные скрипты/сайты с помощью модулей mod_status и mod_performance. Первый стандартный, второй найдется по ссылке
lexvit.dn.ua/articles/?art_id=apache_underwatching3_mht201107167311
Load average, память стандартными утилитами top, free
Графики zabbix, munin