Есть VPS, на котором лежит несколько сайтов. Все сайты работают как надо, кроме битрикса. При заходе на эту белую ворону непонятной случайностью может вылетать 404 ошибка, шанс нарваться — процентов 30. Закономерности не нашел, логи пусты.
Может апач криво настроил (виртуальные хосты) или же это битрикс крутит что-то? Сайт на поддомене.
Тогда открывай в firebug и смотри заголовки. Как подсказали выше — скорее всего проблема в DNS. Я бы порекомендовал обратиться напрямую по IP и в firefox задать руками header host
Может что-то с кэшем? Сталкивался когда-то с такой проблемой. Был включен локальный кэш, но кто-то накосячил с настройками и в итоге кэшированая страница протухала быстрее, чем данные о ней. В итоге иногда можно было поймать заявленный вами глюк. Но информацию об отсутсвующей странице я нашел в логах индейца. Не знаю как сейчас дела обстоят с битриксом (давно уже не работаю с ним), но проверьте на всякий случай.