Я бы все таки разделил - сведения о товаре в 1С, а все файлы с фото и инструкциями на внешнем сервере. В карточку товара можно записать пути к этим файлам чтобы при синхронизации Битрикс понимал откуда все это брать. Хранить файлы в 1С - откровенно плохое решение.
1C Предприятие - это платформа для разработки и выполнения конфигураций. 1С Управление торговлей - это конфигурация, которая запускается на платформе 1С Предприятие.
Универсального ответа нет. В первую очередь постарайтесь понять какую проблему клиента данная конфигурация решает. Дальше уже в процессе ее поддержки/доработки будете узнавать внутреннее устройство. По другому не получится. Сам так делаю.
Как вариант, сделать обработку внешней на период отладки, а потом включить в состав конфигурации. В этом случае перезапуск 1С Предприятие не потребуется, но только если вы вносите изменения только в обработку.
