На ИТС есть на эту тему: "Система стандартов и методик разработки конфигураций для платформы 1С:Предприятие 8", но я бы порекомендовал лучше почитать статьи с сайта Инфостарт, которые посвящены аккуратным доработкам для легкого последующего обновления. Вот парочка из множества, которые мне выдал поиск:
infostart.ru/public/518581
infostart.ru/public/181932
На счет "представителя 1с" не хочется вас расстраивать, но вас разводят на деньги. Любая Марья Ивановна из бухгалтерии может в типовую в режиме предприятия и выполнить обновление конфигурации, или следуя простым инструкциям может зайти в конфигуратор и там обновить доработанную конфигурацию на последний релиз. И в этом случае действительно возможны ситуации, когда доработки или затираются, или перестают работать. Что бы такое не произошло, как раз и зовут в гости "представителей 1с", которые берут деньги именно за то, что бы обойти такие проблемы и все доработки продолжили работать после обновления. Остаются некоторые нюансы, к примеру с внешними обработками, отчетами и печатными формами, но в общем случае у специалиста все карты в руках, что бы после обновления ничего не слетало.