Ответ лежит на поверхности и упирается в характер связи между БД сайта и 1С, о которой вы умолчали. Что первично - сайт или 1с?
Если первична база 1С, а сайт является всего лишь её фронтэндом, то хранение дополнительного автоинкриментного ключа является очевидно избыточным: он немного, но увеличивает размер базы; он усложняет и замедляет обслуживание сайта (особенно из-за join-ов в запросах - так при наличии GUID вам нужно будет делать лишний запрос к таблице товаров для получения ID и лишь затем сможете запрашивать цены и скидки).
Если первичным есть сайт, где работа налажена с более широким кругом контрагентов и потенциальных клиентов (лидов), чем нужно для 1С, где ассортимент товаров и услуг намного превышает тот объем данных, который нужно выгрузить в бухгалтерскую подсистемы для сдачи отчетности, то очевидна необходимость иметь локальную систему ID, а из 1С подтягивать GUID только нужных позиций и хранить для целей синхронизации, но вовсе не для перекрестных ссылок.