При обмене с сайтом используется GUID элемента справочника. Это определяется спецификация CommerceML.
В отчет его вывести можно, но необходимо доработка.
Как вам уже подсказали, реализуйте на 1С web-Service и обращайтесь к нему с сайта при необходимости. Для этого нужно опубликовать 1С на web-сервере. Если будут вопросы по реализации - контакты в профиле.