Два вопроса лучше в одном не задавать.
По сути:
1) Придется отключить стандартную переключалку клавиатуры основанную на GNOME технологиях (плагин в unity-settings-daemon, который gnome-settings-daemon в каноническом виде) и использовать оную из X11, моё решение работает даже в 16.04:
https://bugs.launchpad.net/unity/+bug/1226962 (комментарии 221 и 224), так же можете поставить что баг вас тоже касается
2) Вменяемого нет; gXneur был отличным, но не работает в последних версиях Ubuntu как задумано, у меня стоит для отображения текущей раскладки вместо системного индикатора, который после исправления становится бесполезным чуть более чем полностью
Это сломали разработчики GNOME достаточно давно, теперь исправление нужно впиливать в каждое отдельно взятое приложение, но с Java и подобными приложениями всё равно будет печаль. Мое же решение решает проблему глобально.
P.S. Последний раз отвечаю на подобные вопросы, миллион раз уже и на Тостере, и на Хабре писал об этом.