Я делал так: до установки убунты разбивал системный диск на два. Пустой впоследствии занимался убунтой. При ее установке ставится GRUB, который при старте системы показывает меню, которое позволяет выбирать что за система загружается. Первой строчкой там идет убунту, потом где-то внизу Windows. Это меню можно подредактировать изменив файл grub.cfg в директории /boot/grub. Просто ищите блок с информацией о загрузчике винды и переносите его выше строк о загрузчике убунты (наверняка это можно и через какие-нибудь GUI сделать). После этого просто загружаетесь в Windows, удаляете раздел с убунтой и присоединяете его к системному на место.
