re должно быть строкой. И зачем в регулярке
(\n) я не понял.
В общем, я бы сделал так:
function chistka() {
var s = document.getElementById('k2').value;
var ri = />\s+</gmi;
var re = ">\n<";
var result = s.replace(ri, re);
document.getElementById('k2').value = result;
}