Тадам. Решение найдено. В package.appxmanifest нужно добавить руками секцию
<Estensions>
<Extension Category="windows.activatableClass.inProcessServer">
<InProcessServer>
<Path>CLRHost.dll</Path>
<ActivatableClass ActivatableClassId="Class1" ThreadingModel="both" />
<ActivatableClass ActivatableClassId="Class2" ThreadingModel="both" />
...
<ActivatableClass ActivatableClassId="ClassN" ThreadingModel="both" />
</InProcessServer>
</Extension>
</Extensions>
в которой указаны все вызываемые из winrt классы. По видимому, какие-то глюки с их автоматическим поиском и добавлением в appxmanifest.
Всем (то есть тебе, Макс) спасибо, вопрос закрыт :)