.gitignore может быть абсолютно пустым, будут игнориться все файлы кроме .gitignore.
Другого способа добавить папку в git нет и не будет — git не хранит файлы/папки, а хранит диффы файлов, для этого нужны файлы.
Если нужны абсолютно пустые папки — заведите install.sh (либо используйте phing как на взрослом проекте), разумеется .gitignore в корне проекта должен содержать список всех пустых папок. Всё равно найдется что еще сделать — выставить пермишны, залить базу…