Степан И

Есть такая классная штука, как Sentry. Она позволяет отслеживать практически любые ошибки, как на backend, так и на frontend.
А еще она умеет задать пользовательский контекст, т.е. можно отследить, у каких пользователей проявилась ошибка. Это чрезвычайно удобно.
Обычно, когда падает backend, на frontend тоже что-нибудь отваливается.
А еще sentry умеет breadcrumbs, т.е. вы можете самостоятельно отследить цепочку действий пользователя до возникновения ошибки. Конечно, это требует модификации кода, но результат просто замечательный.

Извините, что я начал с инструмента, но выяснение любых проблем начинается с анализа симптомов/ошибок. Если у вас недостаточно данных об ошибках или сами ошибки не отслеживаются, то будут проблемы.
Если у вас проблемы с временем ответа серверов, то нужно мониторить и профилировать запросы.
Например у вас внезапно растет уровень отказов на какой-то странице. Для этого можно настроить алерт в Google Analytics по резкому увеличению отказов. Далее вы смотрите на мониторинг ответов сервера использующихся на этой странице. Затем получаете, что идет один из вызовов API выполняется дольше обычного. Профилируете его. Смотрите, что идет долгое обращение к БД. Смотрите мониторинг долгих запросов к базе и кореллируете с запросами используемыми в этом API. Находите запрос, делаете EXPLAIN, достраиваете индексы или рефакторите API. Большая часть всех этих процедур требует наличие интеллекта и опыта. А помочь пройти все это сразу может нечто вроде NewRelic.

1. Админов расстрелять, по теме

после модернизации количество работ было таким большим, что одноранговую сеть так и оставили.

Какой то мудак (его уже выгнали) поднял игровой сервер в сети, расшарил инет через мобильный LTE интернет и запустил вирус криптолокер в сеть.

2.

Операционную систему менять нельзя ни в коем случае, так как большинство лабораторных/диагностических программ очень старые, драйвера старые, под новыми системами не хотят дружить.

Если простоя стоит миллионы долларов, то что мешает заплатить пару миллионов на решение это проблемы?
Тут расстреливаем менеджеров, ну тех которых не расстреляли в п.1.

3.

На большинстве компьютеров антивирусная защита отсутствует как таковая, так как на большинстве рабочих станций стоит Windows 98 & XP

Древняя ось, без обновлений (на большинстве уверен вообще обновы не ставились со времени установки), без банального антивируса.
Чего вы ещё хотели то?

Вирусные эпидемии как в вашей ситуации не лечатся путём "а прогоним отот комп антивирусом", их лечат путём "отрубить нахрень всё и переустанавливаем системы ибо хрен пойми какая сигнатура у этой дряни".

Вы влетели по полной программе и решение тут только одно - модернизация железа/ПО, грамотный подход к сети.

Налицо проблема перестроения индекса.

Следующие операции делаем внутри одной сессии с mysql.
Mysql-клиент можно запустить внутри screen сессии, чтобы не бояться отвала терминала.
Сначала делаем так:

SET autocommit=0; 
SET unique_checks=0; 
SET foreign_key_checks=0;

Затем вставляем, используя вставку со множество значений
INSERT INTO yourtable VALUES (1,2), (5,5), ...;
Теперь необходимо закоммитить транзакцию
COMMIT;
И вернуть настройки назад.

SET unique_checks=1; 
SET foreign_key_checks=1;

Еще рекомендуется установить (необходимо полностью остановить сервер и запустить заново после изменения my.cnf)

[mysqld]
innodb_read_io_threads = 64
innodb_write_io_threads = 64
innodb_io_capacity = 5000
innodb_autoinc_lock_mode =2
innodb_open_files=32768

Везде Rsync юзаю

Вся проблема в том что в OSI уровни снизу вверх нумеруются, поэтому нормальным русским людям и непонятно почему это поверх тоже самое что и внутри.

Поверх ssl - значит что ssl снизу. Не, ну серьезно? Откройте словарь и читайте значение слова, при чем здесь Тостер?
Может вы не знаете что такое ssl? Это слой, все в сети это слои, как пирог слоенный. Если непонятно о чем я, то стоит начать читать с OSI.

Ответ прост - не используйте это глупое решение, которое было жутко пропиарено, ведь оно работает на глупых костылях и бревнах об которые спотыкаются нормальные программисты, и все остальные используют его чисто для того чтобы сказать "я использую битрикс", хотя на самом деле всё очень печально. Программисты на битрикс - не программисты, а "конструкторы" из кучи модулей которые готовые лежат в папочках, с ужасным кодом. С путями в ссылках вообще жуткая проблема, нужно создавать кучу новых файлов чтобы что-то работало, в общем я вылил всё что думаю об этой системе.

Насчет вашей проблемы, мой вам совет, если нету никаких интеграций с 1С Битрикс, наймите нормального программиста который напишет сайт на другой системе, например WordPress (wordpress.org/), намного лучше, быстрее и красивше.

И потом, /newsite как там оказался шаблон? Или файлы? Возможно именно в этой папке newsite и лежит ваш index.php файл? В битрикс всё завязано на файлах, поэтому и дохнут очень быстро физ. диски хостеров.

И надо задавать вопрос не "Что нужно сделать чтобы новое решение поставилось как основное, в основную папку?", а "Кто может помочь с ...", потому что Битрикс - это место всевозможных возможностей. И "на глаз" сказать в чём проблема - нереально.

ps. Мною было сделано 1 - проект на Bitrix. Хватило. (большой портал).

QtCreator