Репликация всегда настраивалась так:
блокируем все базы на сервере, делаем дамп, выполняем show master status чтобы знать позицию в журнале, снимаем блокировку с мастера.
теперь берем слейв, восстанавливаем его с дампа и через change master to подключаемся к мастеру.
Вам все равно придется один раз остановить мастер сервер, чтобы сделать его полный дамп.