Боюсь, что в точности то, чего вы желаете, всё-таки недостижимо, но дам две ссылки, которые, может, помогут сделать хоть что-нибудь хорошее:
wiki.archlinux.org/index.php/System_Encryption — тут всё очень подробно (возможно, вас заинтересует LVM), но вроде Linux-only
diskcryptor.net/wiki/Main_Page — альтернатива TrueCrypt. если я правильно помню, у неё намного более обширный boot-time функционал.
