Основной момент - вопрос принадлежности домена. Домен, принадлежащий физику - принадлежит физику, вне зависимости от того, работает он в данной конторе или нет. Если этот физик не директор/собственник - то это потенциальный риск потери домена вместе с работником.
Второй вопрос - как совершенно справедливо заметил
Сергей Чириков - бухгалтерский. Если на домене поддерживается сайт, почта, etc сторонними людьми, которым за это платят - на каком основании им платят-то? Домен то принадлежит физику :)
Если директор столь беспокоится об отжиме домена, то есть финт ушами при котором и тролли сыты, и эльфы целы ;) Контора заключает с регистратором партнерский договор - и вот вам основание для бухгалтерии. В рамках этого договора контора заводит единственного клиента - директора как физика. Вуаля.