По-скольку, речь здесь про доделки/хотелки - этот ответ касается только их:
1.
Стоимость часа работ оговаривается заранее. Если не указали ранее (если уж забыли, но лучше никогда этого не допускать) - можете посчитать: стоимость всех сделанных работ (на которые договаривались заранее) поделите на уже потраченное время и озвучьте эту сумму Заказчику.
2. Порядок такой: Хотелка => определение трудозатрат (время*сложность*рейт) => выполнение => демонстрация через TeamViewer => получение денег => перенос сделанного на хостинг/сервер Заказчика.