Определитесь, хотите вы устанавливать СУБД из пакета (да, файлы будут "разбросаны по файловой системе") или чтобы всё это компактно находилось внутри одного каталога, что позволяет без проблем манипулировать этим хозяйством руками.
В первом случае, как вам посоветовал
Сергей Горностаев - просто подключайте репозиторий с устраивающей вас версией и апгрейдитесь. Во втором - устанавливайте
из дистрибутива, указав при инсталляции подходящий вам каталог.