Надеюсь, я правильно понял вопрос... =)
Большинство приложений, даже многопоточных, не выполняют всю работу, сразу на всех доступных ядрах. Вообще задач, которые можно, с ходу, равномерно размазать на все ядра сразу, очень не много.
Например, большинство веб серверов каждый отдельный запрос выполняют только в одном потоке. То же касается и всяких скриптовых движков, СУБД и.т.п. Если запросов не много, то перекос будет статистически на одно произвольное ядро, потом два и.т.п, и они будет меняться. С ростом нагрузки картина должна выравниваться, и доходить до равномерно полной загрузки.
Если такого не происходит, то либо где-то не хватает потоков(их меньше чем ядер, а побочные процессы не могут загрузить остальные ядра), либо есть какой-нибудь cpu pining.
В вашем случае, например, может быть, что жадное до CPU приложение имеет вовсе один поток, а остальные не требуют много CPU.
Такая ситуация плоха тем, что не используется часть вычислительной мощности при нагрузке выше определённой, и производительность оказывается меньше чем могла бы...
