Константин Китманов

Попробуйте добавить такие строчки в location @nodejs:

proxy_set_header Upgrade $http_upgrade;
proxy_set_header Connection 'upgrade';

У меня похожий конфиг, отличается только вот этим, и работает. Не забудьте рестартануть nginx.

Это ж не PHP, который выполняет скрипт, отвечает на запрос и умирает. Нодовские приложения стартуют и живут. следовательно, никакого смысла создавать и убивать соединения с БД нет, даже если накладные расходы невелики.

Невозможно, к сожалению. В FAQ написано, что название этой папки захардкожено в 100500 местах (да, отмазка левая).
jspm умеет в папку по выбору, для клиент-сайда — самое оно. Но grunt с плагинами и прочее все равно пойдет в node_modules.

Если честно, то профит в скорости загрузки будет — вызов require приводит к довольно большому количеству обращений к файловой системе. Но это все один раз, при запуске приложения. Поскольку node-приложения запускаются один раз и работают долго, это никчемная и даже вредная экономия на спичках.

Узкие места и проблемы находятся линтером, как правильно сказал Алексей Уколов, юнит-тестами, профайлингом.

Я имею ввиду отдельные маленькие проекты.

Звучит похоже на микросервисы.
Если речь о веб-приложении на express, то он умеет суб-приложения.

1. Включать. Если проект сразу на ES6, зачем мне импортить ES6 скомпиленный в ES5? И tree-shake не сработает...
2. CommonJS. Кому надо ES6-модули — см. пункт 1. bundle потребитель пакета сделает сам.
3. Тесты — неплохой источник информации на тему «а как оно должно работать-то, и как его вызывать вообще». Но можно не включать, но тогда лучше написать в readme.md, мол, «дополнительные примеры см. в test/ в репо».
4. Нет особого смысла. prepublish решает задачу «не забыть скомпилить перед публикацией».
5. Зачем? Придется вручную или в prepublish-скрипте в эту директорию все нужное копировать, лишняя работа.

как теперь в этом сервере открыть мой файл

Это называется serve static content. По умолчанию такой функциональности нет, но сделать очень просто: по соответствующему запросу читать файл и отдавать его через response.write. Чтобы было еще проще и с плюшками, есть пакет serve-static, там в примерах все описано.
Ну или чтоб совсем код не писать, можно так: https://www.npmjs.com/package/static-server