Простите, но какое отношение имеет javascript к серверу? Файл при аплоаде на сервере что будет обрабатывать?

www.fish-hook.ru было бы интересно услышать мнение коллеги по цеху

Обычно наоборот стараются по клику на контейнер отмечать checkbox, так юзабельнее и правильнее.
Тем не менее, в качестве примера

$("input.input-checkbox").click(function(){ 
    $(this).parent("li").addClass("checked");
},function(){
    $(this).parent("li"). removeClass("checked");
});

Не проверял, но должно работать.

Мне кажется сам вопрос поставлен некорректно ибо «среда веб» это нечто типа сферического коня в вакууме. Либо здесь приведена не дословная формулировка вопроса, либо стеб препода, либо очередная глупость в сфере образования.

Из приведенных вариантов выбрал бы второй. Но, опять же, что значит «подменяющего» HTTP-заголовки (когда речь о их формировании).

Не умеет. Ни Метрика, ни аналитикс. Сайт на аяксе во многом, после добавления hit в метрике сильно увеличилась глубина просмотра. Чего и пытались добиться...