Как мне помнится, при таком запросе "WHERE `author_id` IN (1, 2, 3, 4, 5) AND `created_at` > '2016-03-03'" лучшим решением будет один простой индекс author_id или created_at
Дело в том, что при поиске по диапазону mysql не сможет полностью использовать составной индекс.
Составной индекс author_id+created_at подойдет например для запроса "WHERE `author_id` IN (1, 2, 3, 4, 5) AND `created_at` = '2016-03-03'" или "WHERE `author_id` IN (1, 2, 3, 4, 5) ORDER BY `created_at`"
А вообще чтобы не теоретизировать используйте EXPLAIN, с помощью него будет видно какой ключ выбирается при запросе, сколько строк обрабатывается и т.д. Это даст точное понимание какой индекс нужно использовать.