ivankomolin

Судя по тому что a.com работает, а b.com не работает при одинаковых конфигах nginx+apache2, то можно смело
делать вывод что проблема не в настройках nginx+apache2)

Очевидно приложения по разному обрабатывают серверные переменные.
Покажите что у вас в include /etc/nginx/proxy_params

Вместо
fastcgi_pass 127.0.0.1:9000;
Указать
fastcgi_pass php:9000;

Ваша ошибка указывает на то, что nginx не может найти по адресу 127.0.0.1 php-fpm.
А происходит это потому, что адрес 127.0.0.1 это адрес внутри контейнера nginx, а php-fpm лежит за его пределами внутри другого контейнера.
Благодаря тому, что docker-compose по умолчанию создает сеть между контейнерами указанными в файле, то достучаться до сервиса можно по его имени из docker-compose.yml. В вашем случае это php

Определить для таких запросов отдельный location и отключить в нем кеширование.

Такая функция присутствует "из коробки":

ПКМ по функции/классу/методу -> GOTO Definition

Открывается всплывающее окно, где можно выбрать один из файлов в котором есть объявление.

Так делать в корне неправильно.
Docker контейнер жив, пока жив запущенный в нем первый процесс.
Теоретически запустить можно несколько процессов, но только от первого. И когда первый процесс будет завершен, контейнер прекратит свою работу.

Для того чтобы запустить оба сервиса, можно использовать например supervisor.
Запустить его как первый процесс, а nginx и fpm уже запустит сам supervisor и заодно будет контролировать их работу.
Подробнее о запуске нескольких сервисов в одном контейнере написано тут:
https://docs.docker.com/config/containers/multi-se...

Но есть еще более правильный способ - каждый сервис запустить в отдельном контейнере.
Для этого копайте в сторону docker-compose