Ипатьев

To use a literal instance of a special character in a regular expression, precede it by two backslash (\) characters. The MySQL parser interprets one of the backslashes, and the regular expression library interprets the other.

Я только недавно начал изучать программирование

function listContactsByDepartment ($pdo){
    $sql = "SELECT 
    t3.department, -- обращаем внимание на эту строчку. Она должна быть первой
    t1.id,
    t1.full_name,
    t1.email_user,
    t1.tel_number,
    t2.filial,
    t3.department_email,
    t4.position,
    t5.number
    FROM contact_work AS t1 INNER JOIN filial_work AS t2  ON t1. id_filial = t2.id 
    INNER JOIN department_work AS t3 ON t1. id_department = t3.id
    INNER JOIN position AS t4 ON t1. id_position = t4.id
    INNER JOIN number_work AS t5 ON t1. id_number = t5.id
    ORDER BY `t2`.`filial` ASC , `t3`.`department` DESC ";
    return $pdo->query($sql)->fetchAll(PDO::FETCH_GROUP); # Обращаем внимание на эту константу
}
$contacts = listContactsByDepartment ($pdo);

<?php foreach($contacts as $department_title => $department_contacts): ?>
                      <tr>
                        <td colspan=10><?=htmlspecialchars($department_title) ?>
                      <tr>
    <?php foreach($department_contacts as $row): ?>
                      <tr>
                        <td><?=htmlspecialchars($row['filial']) ?></td>
                        ...
                      </tr>
    <?php endforeach ?>
<?php endforeach ?>

• include "https://сайт/include.php"; - это идиотизм, и не должно работать. и не будет. Можно сразу забыть и идти исправлять на нормальные пути. Будет гораздо быстрее чем ныть здесь.
  Можно попробовать заменить на include $_SERVER['DOCUMENT_ROOT']."/include.php"; если это свой сайт. Если чужой, то просто выкинуть эту строчку совсем. Ну или попробовать заменить на file_get_contents
  
• include "include.php"; будут работать, если указать абсолютный путь. Хотя бы так,include __DIR__."/include.php";, но в некоторых случаях может не сработать
  
• если инклюды "заработали" после добавления AddHandler application/x-httpd-php .php .html .shtml .htm в файл .htaccess, это значит, что не работали не инклюды, а не работал РНР в html файлах. Он как бы и не должен, но на этом кривом сайте видимо такое использовалось. В любом случае эта строчка никакого отношения к инклюдам не имеет.
  

$query = "UPDATE `users` SET `address`= ?,`phone_number`=?  WHERE email=?";
$params = [
    $address,
    $phone_number,
    $email,
];
$stmt = $pdo->prepare($query);
$stmt->execute($params);

$product_list = [30, 32, 38];
// получаем строку вида ?,?,? по количеству эл-тов в массиве
$placeholder_string = str_repeat('?,', count($product_list) - 1) . '?'; 
$sql = "SELECT * FROM `products` WHERE `productId` in ($placeholder_string)";
$query = $db->prepare($sql);
$query->execute($product_list); 
$products_data = $query->fetchAll(\PDO::FETCH_ASSOC);

if($conn->connect_error) {
    die("Ошибка соединения: " . $conn->connect_error);
}