У вас файл создан под Уиндоуз, в которой в качестве разделителя строк используется последовательность \r\n
Разбивая по \n, вы в конце каждой строки оставляете висеть символ \r, и в итоге при сравнении совпадает только последний элемент файла, после которого нет перевода строки
Для чтения файлов в РНР есть специальная функция. Которая понимает любые переводы строк, и умеет их автоматически удалять.
$array = file(JPATH_SITE.'/list.txt', FILE_IGNORE_NEW_LINES | FILE_SKIP_EMPTY_LINES);
И всё сразу начнёт находиться.