Юрий Лобанов

Покажите код.
В любом случае, уверяю Вас, причина в кривых руках, так как подключение библиотеки вообще никак не должно влиять на верстку, если Вы говорите, что вообще не использовали js.
К сожалению, вынужден напомнить, что не надо писать в ответ: «Да хотя бы вот пример, подключаю стандартно» — предоставьте полный код своего макета, лучше в спойлере.

$(function(){
	// В переменную записываем текущий url
	var index = window.location.pathname;
	// Если текущий url совпадает с указанным...
	if(index == "/index.html"){
		// ... блоки оборачиваем родительским контейнером
		$("header, article").wrapAll("<section class='index'></section>")
	}
});

или так

$(function(){
	if(window.location.pathname.indexOf("index.html")){
		$("header, article").wrapAll("<section class='index'></section>")
	}
});

codepen.io/iiil/pen/qHiLz

По всей видимости шрифт не успевает подгрузиться. Попробуйте сделать задержку, но это плохой вариант, так как величина задержки будет для разной скорости разная.
Есть еще такой вариант — сделайте блок div с одним символом и спрячьте его, например position:fixed и left:-1000px;
И с интервалом проверяйте его высоту до тех пор, пока она не станет равна заранее измеренной с нужным Вам шрифтом, интервал останавливайте. Когда это произойдет — шрифт загрузился и можно запускать Ваш скрипт.

codepen.io/iiil/pen/ytEcn

Замену лучше сделать на стороне сервера. Как и где Вы вставляете код замены Вашего кода на тот, что нужен? Может ссылку кинете?

Зачем Вам fade на body? Добавьте обычный прелоадер с заглушкой и fade сделайте на заглушке.

Посмотрите на сайте kalibroao.ru
Вроде там то, что Вам нужно.

А если серьезно — этому примеров в сети не счесть, и самому написать недолго codepen.io/iiil/pen/mlCiB

$(document).ready(function(){
  if(window.location.hash == '#qwerty'){
    $('.blockclass').addClass('class');
  }
});

В примере скроллите:
codepen.io/iiil/pen/gKpyk
Проверяю каждый раз при скролле, возможно Вам надо только при определенных условиях, но суть думаю ясна.

codepen.io/iiil/pen/IwzAd
Заметьте, я объединил все ссылки в один блок, как советовал в предыдущем вопросе @Petroveg, можно обойтись и без этого, но уж больно много писанины получается.

P.S. Селектов Вы можете заполнить столько, сколько хотите, три, четыре и т. д., главное правильно заполнить дата-атрибуты.

Сделайте вот так, если уж пишете в тегах jquery
codepen.io/iiil/pen/Acvkq