В комментарии ты показал, как вызывается метод 
settingCount:
<item
    ...
    android:onClick="settingCount" />
Тут и заключается проблема. Метод 
settingCount вызывается первым нажатием, в этом методе добавляется ещё один обработчик и только потом все последующие нажатия на кнопку уже обрабатываются им.
Замени код метода на это:
public void settingCount(MenuItem item) {
                LayoutInflater layoutInflater = LayoutInflater.from(context);
                View view = layoutInflater.inflate(R.layout.setting_dialog, null);
                AlertDialog.Builder dialogBuilder = new AlertDialog.Builder(context);
                dialogBuilder.setView(view);
                final EditText editTextString = (EditText) view.findViewById(R.id.editTextDialogString};    
                dialogBuilder
                        .setCancelable(false)
                        .setPositiveButton("OK", new DialogInterface.OnClickListener() {
                            ///.....///
                        })
                        .setNegativeButton("Отмена",
                                new DialogInterface.OnClickListener(){
                                   ///.....////
                                });
                AlertDialog alertDialog = dialogBuilder.create();
                alertDialog.show();
    }